Behnisch Architekten wurde 1989 als Zweigstelle des Büros von Günter Behnisch, Behnisch & Partner, gegründet. Das "Stadtbüro", wie diese Niederlassung genannt wurde, entwickelte sich unter der Leitung von Stefan Behnisch und wurde 1991 zu einem eigenständigen Unternehmen mit eigener Partnerschaftsstruktur und Betrieb. Günter Behnisch führte sein Büro, Behnisch & Partner, parallel bis zu seinem Ruhestand und der Schließung des Büros im Jahr 2005. Stefans Büro entwickelte ein deutlich internationales Profil, verfolgte Projekte in ganz Europa und schließlich auch in Nordamerika, wo das Engagement des Büros für nachhaltige Bauprinzipien in Verbindung mit einem ausgeprägten Gespür für die menschliche Erfahrung in der Architektur auf Zustimmung stieß.

Im Jahr 2005 übernahm das unabhängige Stadtbüro den heutigen Namen, Behnisch Architekten. Seitdem hat sich das Büro zu einer erfolgreichen internationalen Praxis mit Bürostandorten in Stuttgart (seit 1991), Los Angeles (seit 1999), Boston (seit 2006), München (seit 2009) und Weimar (seit 2022) entwickelt.